大学卒業から7年が経つころ、旧・ジャルエクスプレスはパイロット採用方法を見直し、操縦士免許をすでに取った者にも入社試験を受けさせると発表。国内で初めてのチャンスであり、藤は試験に合格、訓練生として採用されたのは1999年である。藤は入社からおよそ10年を費やすと、2010年7月2日、42歳で認定審査に合格。大阪府池田市の大阪本社で藤が機長の辞令を受けると、日本国内で初めて女性が旅客機の機長に就任した。