沖縄戦では軍民あわせて18万人を超える人々の生命が失われた。これら戦没者の遺骨収集は戦後いちはやく地域住民によって始められ、それぞれの地域で納骨堂や慰霊塔が造られ遺骨を納めていたが、昭和32年には日本政府が当時の琉球政府に委託し那覇市識名に戦没者中央納骨所を建設した。納骨数が増えるにつれて中央納骨所が手狭になったため、沖縄戦で戦没した人々を追悼する国立の施設として、昭和54年にこの墓苑が開設され、遺骨も中央納骨所から転骨された。