1944年は投手ながら3番を打ち、監督と主将も兼任。人員不足の戦中にあってチームを支えた。選手は産業戦士として午前中は東芝府中工場で働き、午後は野球の練習を許されたが、グラウンドはどこも芋畑になっていて使えなかったため、時々ではあったが藤本のつてで代田橋にあった明治大学グラウンドを借りて練習していたという。夏季シリーズでは国籍を理由に須田が出場できなくなり、負担がかかった藤本は調子を落として5勝6敗に終わる。