1971年6月、日本初の薬に関する総合的な博物館として、岐阜県羽島郡川島町のエーザイ川島工園の中に内藤豊次により「内藤記念くすり資料館」として設立される。1977年に現在の名称に改称。1986年10月に展示館を開設。洋の東西に関係なく、様々な薬学、医学に関する歴史、薬の扱い方、健康への知識、及びエーザイの歴史が展示され、収容されている薬の資料は約65,000点。図書は約62,000点に及ぶ。