鳥羽水族館は、飼育種類数の多さだけでなく、希少な海洋生物の飼育においても先駆的な役割を果たしてきた。その象徴的な功績が、1977年に達成された、人魚伝説のモデルとも言われるジュゴンの飼育である。これは「日本初」の快挙であり、以来、今日に至るまで日本で唯一ジュゴンを見ることができる水族館として、その地位を不動のものにしている。ジュゴンの長期飼育は非常に難しく、専門の飼育員による手厚いケアと研究の賜物である。この取り組みは、海洋哺乳類の生態解明や保護活動にも大きく貢献している。